Paysandú cuenta en la actualidad con un Centro Universitario que desarrolla numerosas actividades de enseñanza de grado de las Escuelas de Tecnología Médica, Nutrición y Dietética, Binacional de Obstetricia, Bellas Artes, Bibliotecología y Ciencias Afines y de las Facultades de Medicina, Derecho, Agronomía y Veterinaria; en interacción con la ANEP se brindan las carreras de Tecnólogo Químico, Mecánico e Informático. Los servicios del Área de la Salud se encuentran radicados en el CUP desde el año 1979, en que comenzó actividades la Escuela Universitaria de Tecnología Médica (EUTM) a iniciativa de profesionales de la salud radicados en la región.
En 1989 se inicia, en conjunto con la Universidad de Entre Ríos, la Escuela Binacional de Obstetricia, primera experiencia binacional de América Latina.
En 1990 Facultad de Medicina descentraliza el Ciclo Clínico Patológico y, a partir del año 2002, nuevos servicios, como Psicología y Odontología, se incorporan con un criterio articulador de funciones de docencia y extensión.
Por último en el 2006, también se integra a la Universidad el Instituto de Educación Física, presente en Paysandú desde hace más de 20 años.
En el CUP existen fortalezas importantes en el relacionamiento interinstitucional ya que la docencia en servicio se ha impartido desde los inicios en colaboración con el Hospital Escuela del Litoral y en policlínicas municipales.
